Para la temporada 2012-13 el club volvió a hacer una gran inversión económica para clasificarse para la promoción de ascenso a Segunda División A, el Atlético Baleares contó en sus filas para esta temporada con jugadores de la talla de Walter Pandiani, Bjørn Johnsen, Roque Mesa o Jesús Perera pero el equipo transitó por media tabla durante todo el campeonato e incluso llegó a sufrir por mantener la categoría, tercera equipacion real madrid pues aseguró la permanencia tan solo a dos jornadas para su conclusión.